1988年7月，关东地区使用新型炸弹进行爆破，第三次世界大战即刻爆发。31年后，人类从一片废墟中重建都市，东京湾上建立了巨大城市——新东京。世界仿佛要恢复到以前的繁荣。2019年的一个夜晚，新东京郊外的封闭高速公路上，暴走族团体正在公路上飙车。带头的少年，是一名叫做金田的职业高中学生。突然，街上出现了一位奇怪的矮个子男子，暴走族少年铁雄为躲避车祸连人带车飞出公路。正当金田要拿那位男子问罪之时，军队驾驶直升飞机赶到。将那位矮个男子与铁雄一起收押。铁雄进入了一个陌生的地方，这里似乎在从事超能力的研究。而金田则在盘算如何营救铁雄。二人都不知道，他们的未来，因为神秘力量——阿基拉而已经开始了巨大的变化bbb

一颗流星划过东京夜空，随它一同到来的还有希腊神话传说中的黄金苹果。善良的孤儿院女老师绘梨衣与孩子们过着平静的生活，但是她受到黄金苹果的召唤，化身为纠纷女神艾莉丝。为了实现毁灭世界的目的，她绑架了女神雅典娜，并用金苹果将其捆住。随同纠纷女神一同复活的还有矢座魔矢、竖琴座奥菲斯、南十字星古拉特、神盾座阿恩、奥利安座渣加等五位亡灵圣斗士。正享受和平生活的星矢、紫龙、瞬和冰河收到艾莉丝送来的挑战书，他们重新穿上圣衣前往女神被困所在。到达圣域的星矢众人遭遇亡灵五人组，随即陷入艰苦鏖战。女神危在旦夕……本片为动画片《圣斗士星矢》第一部剧场版eee